移動のコストパフォーマンスを測る上で欠かせない電車運賃ですが、四ツ谷駅から新宿駅間はJR東日本と東京メトロでほぼ拮抗しています。交通系ICカードを利用した場合、JR線（山手線内運賃）は167円、東京メトロは178円（いずれも鉄道駅バリアフリー料金加算後の現行水準）であり、その差はわずか11円に過ぎません。
金銭的な差がほとんどない以上、判断基準とすべきは「新宿駅のどこに行きたいか」という空間動線です。
JRの利用が圧倒的に有利なのは、「バスタ新宿」や「タカシマヤ タイムズスクエア」に向かう南口エリア、あるいは山手線・埼京線・小田急線・京王線への乗り換えを伴うパターンです。JR新宿駅のホームから南口・新南改札へは階段を上がるだけで直結しており、無駄な歩行を極限まで減らせます。
一方、丸ノ内線を選ぶべき決定的な理由は、「伊勢丹新宿店」「歌舞伎町」「新宿サブナード」といった東口・北側の地下街方面を目指すケースです。丸ノ内線新宿駅および新宿三丁目駅はこれらの商業施設と地下通路でシームレスに直結しており、JRの巨大な構内をかき分けて東口へ降りるストレスを完全に回避できます。
