大学選びにおいて最も重視される指標の一つが進路決定率と就職先の実態です。種智院大学の卒業生は、学科ごとに明確に分かれた進路を歩んでいます。
仏教学科の卒業生の大半は、真言宗各派の寺院住職・副住職や宗務庁・本山職員としての道を歩みます。また、仏教系の中学・高校の宗教科教員や、仏教美術・文化財に関わる博物館学芸員、仏事関連企業へ進むケースも見られます。
社会福祉学科においては、特別養護老人ホーム、障がい者支援施設、児童養護施設、医療機関(MSW:医療ソーシャルワーカー)への就職が中心です。さらに、地方自治体の福祉職公務員や社会福祉協議会への採用実績も着実に積み上げられています。福祉業界における慢性的な人材不足を背景に、国家資格を取得した卒業生に対する現場からの求人需要は極めて高く、実質的な就職決定率は高水準を維持しています。