計画運休や台風・大雪による大幅な遅延・運休が見込まれる場合、JR東日本では計画運休払い戻し手数料を完全に無料（無手数料）とする特別措置を実施します。
この無手数料措置は、実際に列車が運休する前であっても、公式に「旅行見合わせのお願い」や「無手数料での変更・払い戻し対象線区」として指定された時点で適用されます。
【払い戻し・変更の具体的ルール】
- 紙のきっぷ（乗車券・指定席特急券）：JR東日本のみどりの窓口や指定席券売機で手続き可能。運休決定後、乗車予定日から1年以内であれば手数料なしで全額払い戻しされます。当日に大混雑する駅窓口へ無理に並ぶ必要はありません。
- えきねっと（チケットレス・QR乗車等）：運休が決定した列車はシステム側で自動的に無手数料払い戻し（キャンセル処理）が行われるケースが基本です。ただし、自由席や一部の企画乗車券については、運休確定前に自身で操作すると通常手数料が引かれる場合があるため、画面上に「無手数料対象」の案内が出ていることを確認してから手続きを行います。
- 定期券・回数券：運休が連続して24時間以上に及んだ場合など、旅客営業規則に基づく規定日数以上の不通が生じた際に所定の計算式に基づき延長または払い戻しが行われます。
