長崎県美術館へのアクセスは、長崎の街の風物詩である路面電車（長崎電気軌道）の活用が最もスムーズで経済的です。
JR長崎駅前の電停から「崇福寺」行き（1号系統）に乗車し、約5分。「出島」電停または「メディカルセンター」電停で下車すれば、徒歩約3〜5分で美術館のエントランスに到着します。海沿いの爽やかな遊歩道を歩きながらアプローチするなら、出島電停から「出島ワーフ」を経由して海沿いを歩くルートが抜群の景観を誇ります。
車でアクセスする場合、長崎自動車道「長崎IC」からながさき出島道路を経由して約5分と好立地ですが、休日の晴天時は長崎水辺の森公園の利用者も重なるため、美術館地下駐車場は午前中で満車になることがあります。満車時は隣接する「水辺の森公園駐車場」や「県営常盤駐車場」を視野に入れておくと無駄なタイムロスを防げます。
