FNAFシリーズの物語は、発売順（ナンバリング順）と時系列が意図的にシャッフルされて提示されています。FNAF時系列まとめを把握する上で基準となる歴史的タイムラインを以下に整理します。
1. 1983年：惨劇の幕開けと最初の犠牲者（FNAF 4）
物語の発端は「フレッドベアーズ・ファミリー・ダイナー」。共同創業者ウィリアム・アフトンの末息子（泣き虫の少年）が、兄マイケルとその友人たちの悪質な悪戯によってフレッドベアの口に頭部を押し込まれ、頭蓋骨を圧迫粉砕される致命傷を負います（83年の噛みつき事件）。時を同じくして、共同経営者ヘンリーの娘チャーリーが店舗の外でウィリアムに刺殺され、防犯用パペットに魂が憑依します。
2. 1985年：子ども失踪事件とアフトン家の完全崩壊
新店舗「フレディ・ファズベアーズ・ピザ」にて、ウィリアムによる5人の子ども誘拐・殺害事件が発生。さらに、ウィリアムが開発した児童捕獲機能を備えた人形「サーカス・ベイビー」によって、実の娘エリザベスが体内に取り込まれ命を落とします（『Sister Location』の背景）。
3. 1987年：警備員の悲劇（FNAF 2）
ハイテクな顔認識機能を備えた「トイ・シリーズ」が導入された新店舗がオープンするも、何者かによって昼間の営業中に人間の前頭葉が噛みちぎられる87年の噛みつき事件の真相へと発展し、店舗はわずか数週間で閉鎖に追い込まれます。
4. 1993年：第1作の舞台と黒幕の因果応報（FNAF 1 / FNAF 3ミニゲーム）
経営難に陥った初代店舗で、贖罪のために偽名「マイク・シュミット」として潜入したマイケル・アフトンが5日間の夜警を生き延びます。その後、証拠隠滅のために人形を解体しに訪れたウィリアムは、解放された子どもたちの霊に追い詰められ、欠陥のあるスプリングボニースーツに逃げ込んだ結果、スプリングロック機構の誤作動により全身を金属ボルトで粉砕され死亡します。
5. 2023年以降：業火の清算と新世代の脅威（FNAF 3 / FNAF 6 / Security Breach）
30年後、ホラーアトラクションとして蘇ったウィリアム（スプリングトラップ）との対峙を経て、『Freddy Fazbear's Pizzeria Simulator（FNAF 6）』にてヘンリーが仕組んだ罠により、すべての怨念が炎の中で焼却されます。しかし、後年の『Security Breach』や最新作に至るまで、アフトンの思念や人工知能「Mimic（ミミック）」を巡る新たな恐怖の連鎖が続いています。
