ベイ・シャトルの普通運賃は大人片道1,880円（小児940円）、往復割引を利用すると3,060円（有効期間14日間）となり、片道あたり1,530円で利用できます。さらに訪日外国人向けの特別割引やシニア割引など、各種割引運賃も用意されています。
そして、旅行者の間で「知る人ぞ知る最強の裏ワザ」として重宝されているのが、神戸空港海上アクセス駐車場の無料特典です。通常なら日数に応じて高額になる空港周辺の駐車料金ですが、ベイ・シャトルに乗船すると、旅行期間中（最大30日間まで）の駐車料金が完全に無料になります。
利用方法は極めてシンプルです。車を駐車場に入庫後、駐車券を持って神戸側のフェリーチケット窓口に提示し、無料処理スタンプを受けるだけ。家族旅行や長期の海外渡航で関空を利用する際、神戸空港までマイカーで乗り付け、船で関空に渡るルートを選べば、高速代や駐車代を大幅に浮かせることが可能です。
