腸腰筋の主たる運動は股関節の屈曲作用であり、付随して股関節の軽度外旋、さらには体幹直立位における腰椎の生理的前弯の維持および骨盤の前傾に働きます。大腿直筋や縫工筋、大腿筋膜張筋も股関節屈曲に作用しますが、股関節を90度以上深く屈曲させる局面において中心的なトルクを発揮できるのは深層にある腸腰筋だけです。
しかし、デスクワークが日常化した社会環境下では、股関節が90度屈曲した状態で長時間座り続けることになります。この持続的な短縮位の放置こそが、腸腰筋短縮による腰痛メカニズムの温床です。着座姿勢が定着すると、腸腰筋線維のサルコメア（筋節）が減少し、筋の伸張性が著しく低下します。
短縮した状態で立ち上がろうとすると、大腿骨小転子側に引っ張られる形で起始部である腰椎と骨盤が前方へと強烈に牽引されます。これが骨盤前傾と反り腰の根本原因です。骨盤が過剰に前傾し腰椎の前弯が増強すると、第5腰椎と第1仙椎（L5/S1）周辺の椎間関節に破裂的な圧迫・剪断ストレスが集中します。
さらに神経生理学的な連鎖として見逃せないのが、「相反性神経抑制（Reciprocal Inhibition）」の破綻です。主動作筋である腸腰筋が過緊張・短縮を起こすと、その拮抗筋である大臀筋（股関節伸展筋群）に対して反射的に抑制シグナルが送られ続けます。結果としてお尻の筋肉が機能不全に陥る「臀筋健忘症（Gluteal Amnesia）」が生じ、歩行時や起立時に骨盤・股関節を安定させることができなくなった代償として、腰背部の脊柱起立筋や腰方形筋が過剰に酷使され、慢性的な腰痛が完成してしまいます。
