静の展示である資料館に対し、動の迫力で来館者を圧倒するのが伊賀流忍者集団「阿修羅（あしゅら）」による実演ショーです。国内外のメディアや海外公演でも絶賛される阿修羅のステージは、単なる寸劇やアクションアクターの殺陣とは一線を画しています。
ショーの最大の特徴は、「本物の真剣・鎌・手裏剣・吹き矢」を使用した極限の演武にあります。研ぎ澄まされた刃物が空を切る鋭い音、手裏剣が標的の板を勢いよく貫く鈍い衝撃音は、観客席の最前列まで生々しく伝わります。刀対刀の緊迫した攻防から鎖鎌の変幻自在な操法まで、命懸けの任務を遂行した忍者の身体能力を肌で体感可能です。
阿修羅の忍者ショーは野外ステージ（悪天候時は屋根付きエリア）で開催され、1回あたりの公演時間は約20分間です。平日と土日祝日でタイムスケジュールが異なり、荒天時や劇団の遠征時には休演となる場合があるため、訪問当日の朝に公式スケジュールを確認しておくのが鉄則です。観覧には博物館入場料とは別に1人500円（税込）の観覧料が必要ですが、価格以上の価値があると口コミでも絶賛されています。
