ネット上には「忍者博物館は子供向けのアニメ的なアトラクション施設」という誤解が散見されますが、これは明確な誤りです。本施設は三重大学の忍者研究機関とも連携した第一級の歴史ミュージアムであり、展示されている古文書や忍具は本物の学術史料です。大人の知的好奇心を刺激するディープな歴史検証が行われています。
天候面に関しては、「雨の日でも十分楽しめるか」という質問が多く寄せられます。からくり屋敷、忍術体験館、忍者伝承館はいずれも完全屋内型施設のため、雨天時でも展示鑑賞には一切支障がありません。ただし、各展示館同士を移動する際の上野公園内の通路は屋外となるため、雨具の携行が必須です。
アクセスと駐車場の混雑状況にも留意が必要です。車で向かう場合、名阪国道の「中瀬IC」または「上野IC」から約5分と至便ですが、上野公園周辺の有料駐車場（普通車1回600円前後）は休日の午前11時〜午後14時に満車になりやすい傾向があります。公共交通機関を利用する場合は、伊賀鉄道「上野市駅（忍者市駅）」から徒歩約5分〜10分とアクセス良好であり、ラッピング電車「忍者列車」に乗車できるルートも人気を集めています。
