京都九条病院の看板診療科として全国的にも知られるのが京都九条病院 整形外科です。股関節・膝関節の変形性関節症に対する人工関節置換術や、脊椎圧迫骨折に対する低侵襲手術、スポーツ外傷など、部位ごとの専門医チームが高度な手術治療と早期離床リハビリを提供しています。
また、予防医療と早期発見の拠点として京都九条病院 健康診断（健診センター機能）の利用価値も見逃せません。法定健康診断から人間ドック、生活習慣病予防健診まで対応しており、異常が見つかった場合には即座に院内の専門診療科（消化器内科、循環器内科、糖尿病内科など）と連携して精密検査へ移行できる体制が整っています。
地域密着型の「かかりつけ機能」と高度な「急性期外科機能」を同一施設内で完結できる点こそが、同院の持つ最大の強みと言えます。
