常設展示室では、「自然環境と人々のくらし」を全体テーマに掲げ、8つの時代・テーマ別ゾーンで明石の歴史をわかりやすく解説しています。古代のアカシゾウの化石骨格標本や、旧石器時代の学術的議論を呼んだ「明石原人」に関する展示は、考古学ファンのみならず子どもたちの知的好奇心を刺激する人気コーナーです。
また、小学校中学年の社会科見学でも定番となっている「くらしのうつりかわり展」など、昔の生活道具や昭和・大正期の民具に直接触れられる企画も定期的に開催されています。体験学習室では、「十二単」や「武者の鎧」の試着体験が用意されており、歴史を肌で体感できる参加型の工夫が随所に施されています。
見学にかかる所要時間の目安は、常設展のみをじっくり鑑賞する場合で約45分〜1時間、特別展を合わせて鑑賞する場合は1時間30分〜2時間程度です。展示解説パネルや映像資料が充実しているため、歴史好きなら半日かけて深く掘り下げることも十分可能です。