吉村家で過酷な修行を耐え抜き、吉村実氏から正式に看板・免許を授与された店舗だけが「直系店舗」を名乗る資格を持ちます。直系の証は、吉村家から直送される秘伝の醤油ダレ（カエシ）の使用許可と、店頭に掲げられる「家系総本山 吉村家直系店」の認定札です。
厳しい衛生管理と味の均一性を維持するため、直系認定は極めて厳格であり、過去には独立後に独自の道を歩んで直系を外れた店舗も存在します。現在、ファンの間で絶大な支持を集める直系店舗の一覧と主要拠点は以下の通りです。
- 杉田家（神奈川県横浜市磯子区 / 千葉県千葉市・富津市など）：吉村家が横浜駅へ移転した際、創業の地・新杉田を託された直系第1号店。津村進氏が率い、早朝5時からの営業スタイルを守り抜く東の横綱。
- 厚木家（神奈川県厚木市）：吉村実氏の実子（次男）が店主を務める、直系の中でも極めて純度の高いスープと燻製チャーシューの完成度を誇る名店。
- はじめ家（富山県魚津市）：「北陸の虎」の異名を持ち、地方都市でありながら全国屈指の濃度とキレを誇る直系店。
- 上州家（群馬県館林市）：北関東に直系の味を正統継承する名門。
- 末廣家（神奈川県横浜市神奈川区白楽）：圧倒的な大判燻製チャーシューと、直系ならではの力強い醤油豚骨スープで連日行列を形成する実力派。
- 内田家（福岡県博多区）：豚骨ラーメンの本場・九州博多に進出し、直系醤油豚骨の衝撃を与えたパイオニア。
また、家系ラーメンのアイデンティティを語る上で欠かせないのが、大田区の製麺所「酒井製麺」の存在です。吉村氏が創業期に何度も試作を重ねて共同開発した特注麺であり、一般的な中華麺よりも短く、断面がわずかに平たい形状をしています。
この麺は、強火で沸騰させた大釜の中で麺を自由に泳がせ、平ザルを使って職人の手首のスナップだけで一玉ずつ湯切りされることで、最高の食感を生み出します。酒井製麺の最高峰とされる「杉印（杉田家仕様）」をはじめとする直系・本流向けの麺は、他メーカーでは再現できないモッチリとした弾力と、濃厚な豚骨醤油スープを適度に持ち上げる独自の吸着力を誇っています。
