桑の木にまつわるトラブルで最も多いのが、「自分で植えた覚えはないのに、いつの間にか庭の隅に生えていた」というケースです。前述の通り、桑の実は鳥類の好物であるため、野鳥の糞に混ざった未消化の種子が、エアコン室外機の裏、ブロック塀と擁壁の隙間、庭石の脇などに落ちて発芽します。
この勝手に生えてきた桑の木対策において、最も重要な鉄則は「1年目・樹高50cm未満のうちに根ごと完全に引き抜くこと」です。桑の実生（みしょう）は発芽から半年も経つと、地上部の倍以上の深さに硬い直根を伸ばします。地上部を用心深くハサミで切り落としても、残った根茎から翌春には複数の強靭な芽が再生します。幹が直径1cmを超えて手で抜けなくなった場合は、株元をノコギリ等で地表すれすれに切り、切り口の形成層にグリホサート系の濃厚除草剤の原液を刷毛で塗布し、黒いビニール袋で覆って光を遮断する「枯殺処理」が必須となります。
すでに幹の太さが大人の腕以上、樹高が2メートルを超えてしまった大木については、素人の手作業による抜根は極めて困難です。この段階に至った場合の、桑の木の伐採方法とお祓い費用の現実的な内訳は以下の通りです。
庭木の伐採相場は、樹高3メートル未満で1本あたり1万5,000円〜3万円程度、5メートルを超える大木になると3万〜8万円前後となります。ただし桑の木の場合、配管や基礎を巻き込んでいることが多く、重機による抜根作業（根の完全撤去）を行うと、さらに3万〜10万円以上の追加費用、ならびに残土処分費が発生します。
また、「神木や霊木の性質を持つ桑の木を伐採すると祟りがあるのではないか」と精神的な不安を抱く施主は少なくありません。精神的な平穏を保ち、作業の安全を期すために伐採前のお祓いを希望する場合、地域の氏神神社の神職を招いて行う「樹木伐採清祓（きよはらい）」の初穂料（玉串料）相場は20,000円〜30,000円程度が一般的です。神職を呼ばず自身でお清めを行う場合は、伐採前にお酒（清酒）と粗塩を木の四方に撒き、これまで敷地を守ってくれたことへの感謝を述べてから手を合わせる作法が広く用いられています。
