寄附後の申請方法として「ワンストップ特例制度」と「確定申告」のどちらを選ぶかも、控除の戻り方に直結します。ワンストップ特例と確定申告の違いを理解していないと、「控除されていない」と勘違いしたり、住宅ローン控除との兼ね合いで損をしたりすることがあります。
ワンストップ特例を利用した場合、所得税からの還付はなく、寄附金控除の全額が「翌年度の住民税の減額」として処理されます。これに対し、確定申告を行った場合は「当年の所得税からの還付（指定口座へ振込）」と「翌年度の住民税の減額」に分割されて控除が実行されます。
特に住宅ローン控除を受けている場合、確定申告でふるさと納税を申告すると所得税枠の取り合いが発生し、住宅ローン控除の住民税引き継ぎ限度額に引っかかってしまうケースがあります。給与所得者で寄附先が5自治体以内であれば、ワンストップ特例を活用したほうがシミュレーション通りの枠を使い切りやすい傾向にあります。
