日本女子大学附属高校の進路選択における最大の強みは、日本女子大学への内部推薦権を保持したまま、他大学の受験に挑戦できる制度（協定推薦・条件付き併願制度）が整備されている点にあります。この仕組みは、受験生と保護者にとって極めて強力なセーフティネットとして機能しています。
卒業生のおよそ60〜70%が日本女子大学の各学部（家政学部・文学部・理学部・人間社会学部・国際文化学部・建築デザイン学部）へ進学する一方で、残る30〜40%の生徒が国公立大学や他大学への進学を選択しています。進学先の内訳を見ると、東京大学、東京工業大学（現・東京科学大学）、一橋大学といった最難関国公立をはじめ、慶應義塾大学、早稲田大学、上智大学、東京理科大学、GMARCH、さらには薬学系・医学系・芸術系大学まで極めて多岐にわたります。
学校側が大学受験偏重のカリキュラムを敷いていないにもかかわらず、外部進学で高い実績を残せる理由は、日々の授業で課される膨大な読書課題、実験レポート、卒業研究にあります。付け焼き刃の暗記力ではなく、根本的な論理的思考力と文章構築力が鍛えられているため、近年急速に拡大している総合型選抜（旧AO入試）や学校推薦型選抜において、他校の受験生を圧倒する実績を叩き出しています。もちろん、一般選抜で難関大を突破する生徒も存在し、自学自習で道を切り開く学力水準の高さが証明されています。
