日常的に摂取する添加物である以上、その毒性や摂取許容量の評価は極めて厳格に行われている。国際的には、FAO/WHO合同食品添加物専門家会議（JECFA）が反復投与毒性や発がん性試験のデータを詳細に精査し、コーデックス委員会規格（Codex Standards）として各国の基準策定に反映させている。
日本国内においても、内閣府の食品安全委員会が独立した立場で科学的なリスク評価を実施している。評価結果は食品安全総合情報システムなどのデータベースで広く開示され、安全性が確認されたものだけが規格基準に則って流通する。クエン酸やリンゴ酸など生体内のエネルギー代謝（クエン酸回路）に直接関与する有機酸については、通常の使用量において一日摂取許容量（ADI）を定める必要がないほど安全性が高いと結論づけられている。
