インフルエンザ感染で気道のバリア機能が低下している隙を突いて、他の病原体に重複感染しているケースも珍しくありません。特に鑑別が必要となるのが「マイコプラズマ肺炎」と「百日咳」です。
マイコプラズマ肺炎との違いとして顕著なのは、インフルエンザが治りかけた頃に再び熱がぶり返す点です。解熱後に再び微熱や高熱が出現し、胸の痛みや全身の疲労感を伴う頑固な咳が続く場合は、細菌の一種であるマイコプラズマによる気管支炎や肺炎の悪化が疑われます。
一方、大人の間でも流行が見られる百日咳との鑑別では、咳の出方に注目します。百日咳は発熱がほとんどないにもかかわらず、息が詰まるような激しい連続的な咳込み（スタッカート）が生じ、咳の直後に大きく息を吸い込む際「ヒュー」という笛のような音（レプリーゼ）が鳴る特徴があります。どちらの疾患も専用の抗菌薬（マクロライド系など）による治療が必要であり、通常の風邪薬では改善しません。
