集落の裏で不穏な動きを見せるのが、秘密組織「入江機関」の存在だ。表向きは過疎村の診療所として地域医療を支えつつ、裏では国家組織のバックアップを受け、病の軍事利用や治療法の研究を極秘裏に進めていた。彼らの研究において中核を担ったのが、神社の巫女である古手梨花である。
彼女は村人たちの心の拠り所であると同時に、寄生虫の暴走を抑え込む「女王感染者」という過酷な宿命を背負わされていた。万が一彼女が命を落とせば、村全体の感染者が一斉にレベル5へ急発進し、全滅を免れないという衝撃の裏設定。運命の歯車に弄ばれながらも、絶望的なループに立ち向かう梨花の姿こそが、物語を動かす強い推進力となっていた。