サンライズ瀬戸の運賃・料金は「運賃＋特急料金＋寝台料金」の合計で算出されます（ノビノビ座席のみ寝台料金不要で指定席特急料金が適用）。東京〜高松間を利用した場合の大人1名あたりの目安料金は以下の通りです。
・ノビノビ座席（普通車指定席扱い）：約15,500円〜
仕切り壁とカーペット敷きの上下2段フラット空間。横になって寝ることができ、寝台料金がかからないため最もリーズナブルです。プライバシーは個室に劣るものの、格安で移動したい旅行者に根強い評判を得ています。
・B寝台ソロ（1人用個室）：約21,500円〜
階段状に上下段が組み合わされたコンパクトな個室。コストを抑えつつ完全なプライベート空間を確保したいソロ旅に向いています。
・B寝台シングル（1人用個室・標準タイプ）：約22,500円〜
列車内で最も部屋数が多い主力個室。デスクやコンセントが完備され、立って着替えができる天井高が確保されています。
・B寝台シングルツイン／サンライズツイン（1〜2人用個室）：約31,000円〜（2名利用時）
シングルツインは2段ベッド構造、サンライズツインはベッドが2台並んだ広々とした個室。カップルや友人同士の旅に最適です。
・A寝台シングルデラックス（1人用最上級個室）：約29,000円〜
広々とした空間にワイドデスク、独立した洗面台、専用アメニティポーチが備えられた最高峰クラス。利用客には無料のシャワーカードがあらかじめ提供される特別な個室です。
