明細書を作成するうえで、税務調査において最も否認されやすい論点が「対象費用の選別ミス」です。医療費控除は病気や怪我の治療・療養に必要な支出を対象としており、予防や健康増進を目的とした支出は厳格に除外されます。現場で多発する医療費控除対象外の落とし穴を把握しておく必要があります。
典型的な対象外項目として、美容整形費用、審美目的の歯列矯正、予防接種代、疲労回復を目的としたビタミン剤やサプリメントの購入費用が挙げられます。また、人間ドックや健康診断の受診費用も原則として対象外です。ただし、健康診断によって重大な疾病（胃がんや心疾患など）が発見され、引き続き治療を行った場合に限り、診断費用も治療の一環として控除対象に組み入れることが認められています。
入院時の「差額ベッド代」についても注意が求められます。自己都合で個室を希望した場合は控除対象外ですが、病院側の病棟管理上の都合や、重篤な症状により医師の指示で個室に入院した場合は対象として認められます。
さらに見過ごされがちなのが、通院にかかった旅費交通費の扱いです。通院交通費明細の書き方において、電車や路線バスといった公共交通機関の運賃は、領収書が発行されないため「利用日・通院先病院名・利用区間・支払運賃」をメモ帳やエクセルに記録しておくことで明細書への記載が認められます。
一方で、自家用車で通院した場合のガソリン代や有料道路通行料金、病院の駐車場料金は一律で対象外と判定されます。タクシー代に関しては、急病や骨折等で歩行が著しく困難な場合や、深夜・早朝の陣痛による緊急搬送など、公共交通機関の利用が客観的に不可能な状況に限り正当な医療費として計上可能です。
医療費の総額が10万円に届かない世帯であれば、特定のOTC医薬品（スイッチOTC医薬品）の年間購入額が1万2,000円を超えた際に利用できるセルフメディケーション税制明細書の活用へ切り替える戦略も極めて有効です。ただし、従来の通常医療費控除とセルフメディケーション税制は選択適用であり、同一年度に両方を重複して利用することはできません。
