ウイルスによる急性期の感染が収束したにもかかわらず咳が止まらない最大の要因は、気道粘膜の修復遅延と知覚神経の過敏化にあります。医学的にはこれを「感染後咳嗽（かんせんごがいそう）」と呼びます。
風邪ウイルスが気道上皮細胞を破壊すると、普段は粘膜の内側に隠れている知覚神経（C線維や迷走神経）が外気に直接さらされる状態になります。この状態では、わずかな気温差、冷たい空気の吸入、乾燥、タバコの煙、会話時の声帯の振動といった日常の微小な刺激に対しても神経が過剰に反応し、激しい咳反射を引き起こしてしまいます。
感染後咳嗽が続く一般的な期間は3週間から最長で8週間程度とされています。自然軽快することも多い病態ですが、炎症が長引く過程で気道の構造変化（リモデリング）が起きると、慢性的な気道炎症へとシフトするリスクがあるため注意が求められます。
さらに見逃せないのが、風邪を契機として発症する「咳喘息（せきぜんそく）」です。咳喘息はゼーゼー・ヒューヒューという喘鳴（ぜんめい）や呼吸困難を伴わないものの、夜間から早朝にかけて激しい乾いた咳が続くのが特徴です。アレルギー素因を持つ人が風邪をひいた後に発症しやすく、適切な治療を行わないと約3割が本格的な気管支喘息へ移行すると指摘されています。
