果肉を包む薄皮（じょうのう膜）を剥くべきか、そのまま食べるべきかという疑問は、柑橘ファンの間でも意見が分かれるテーマです。結論から言うと、伊予柑の薄皮は完全に食べられます。
薄皮や白い筋（アルベド）には、腸内環境を整える水溶性食物繊維「ペクチン」や、毛細血管を強化して血流改善をサポートするポリフェノールの一種「ヘスペリジン（ビタミンP）」が果肉以上に豊富に含まれています。生活習慣病予防や美肌効果、免疫力サポートを最大限に得たいのであれば、薄皮ごと食べるのが栄養学的には最も理にかなっています。
一方で、温州みかんと比べて伊予柑の薄皮はセルロース構造が発達しており、やや厚く口に残りやすいのが特徴です。咀嚼時に果汁のジューシーな弾ける感覚をダイレクトに味わいたい場合や、消化器官がデリケートな小さな子ども・高齢者が食べる際は、薄皮を丁寧に剥いて果肉（砂嚢）だけを取り出す食べ方が推奨されます。
