本作の終幕は、一般的なハッピーエンドとは大きく異なります。砂漠に現れた毒ヘビの足元で、黄色い閃光が走り、王子は音もなく砂の上に倒れ込みます。翌朝、飛行士が探すと王子の体はどこにも見当たりませんでした。この幕切れに対し、「王子は故郷の星へ帰れたのか、それとも単に毒ヘビに噛まれて死亡したのか」という疑問は、世界中の読者や文学研究者の間で幾度となく議論されてきました。
結論から言えば、この結末は「肉体の死」と「魂の帰還」という二重のレイヤーを持っています。作中で王子自身が語る言葉を丹念に拾い上げると、その真相が浮かび上がります。
「ぼく、今夜、自分の星へ帰るんだ……だけど、あの星は遠すぎる。この体を持っていくことはできないよ。重すぎるんだ」
王子にとって、地球上での身体は脱ぎ捨てるべき「古い樹皮」に過ぎませんでした。ヘビの猛毒は肉体の拘束を解き放ち、時空を超えてB612へと意識を回帰させるための不可欠な手段だったのです。宗教的・神話的な視点から見れば、これは古代エジプト神話やグノーシス主義に見られる「肉体という牢獄からの魂の解放」の構造を踏襲しています。
同時に見逃せないのは、作者であるサン＝テグジュペリの生涯とその過酷な死生観です。彼は貴族の出身でありながら過酷な飛行艇パイロットの草分けとして活躍し、サハラ砂漠での遭難事故や幾多の墜落を奇跡的に生き延びてきました。しかし本作を書き上げた直後の1944年7月31日、自由フランス空軍の偵察任務中、愛機P-38ライトニングとともにコルシカ島沖の地中海へ飛び立ち、そのまま帰らぬ人となりました。享年44。
軍の記録や後年の海底調査（2000年に機体の残骸と彼の名前が刻まれたブレスレットが引き揚げられた事実）が示す通り、彼の最期もまた「遺体の見つからない消失」でした。サン＝テグジュペリにとって、死とは生の無残な敗北ではなく、澄み切った大空の向こうへ溶けていく静かな昇華であったことが、王子の最期と完全に重なり合っています。
