高校選びにおいて最初の指標となる神村学園高等部の偏差値は、コースごとに明確な役割分担がなされています。大手進学模試や鹿児島県私学入試データによると、普通科特別進学コースや文理科が偏差値50〜55、看護学科が47〜49、普通科進学体育・総合能力開発コースおよび調理科・保育科などは40〜45前後で推移しています。
単一の偏差値だけで学校全体を測ることはできません。難関国公立大学や有名私立大学を目指す文理系コースでは少人数制の手厚い受験指導が展開されている一方、調理科や保育科といった専門学科は即戦力の資格取得を主眼に置いており、求める学力層が明確に分かれています。
受験生が気になる神村学園高等部入試倍率の傾向を見ると、推薦入試および専願入試での入学決定率が極めて高いのが特徴です。一般入試の実質倍率は例年1.05倍〜1.25倍程度で落ち着いていますが、推薦枠で定員の多くが埋まる傾向にあります。特に県内外から志願者が殺到する進学体育コースや看護学科については、事前のオープンキャンパス参加や内申点の確保、部活動顧問との綿密な連携が合否を左右する重要要素となっています。