調理時に戸惑いやすいのが、蕾の一部分にできる白い斑点や、切り落とした茎の断面が白くスポンジ状になっているケースです。
蕾にできる点状の白い斑点は、日光不足や物理的な擦れによる組織変色であることが一般的です。綿毛のように立体的に盛り上がっておらず、異臭がなければ問題なく食べられます。ただし、斑点の周囲が茶褐色に変色し、触って指が沈むような柔らかさがある場合は腐敗が始まっているため、その小房ごと切り落とす必要があります。
また、ブロッコリーの茎の空洞化やスポンジ状（す入り）の現象は、急激な成長によって中心部の細胞分裂が追いつかずに組織に隙間ができる生理現象です。毒性は一切ありませんが、水分が抜けて繊維が硬くなっているため、外皮とスポンジ状の部分を厚めに削ぎ落とし、細かく刻んでスープやきんぴらに活用するのが実用的です。
