全50話で構成された『軍師官兵衛』のあらすじは、大きく以下の4つのフェーズに分かれて展開します。
- 播磨の風雲児時代（第1話〜第15話）：播磨の小領主・小寺家の家老として頭角を現し、天下布武を掲げる織田信長・羽柴秀吉の傘下に入る決断を下す。
- 苦難の有岡城幽閉と再生（第16話〜第22話）：信長に反旗を翻した荒木村重を説得に向かうも捕らえられ幽閉。壮絶な監禁生活を経て救出され、冷徹な軍師へと覚醒する。
- 秀吉の天下取りと中国大返し（第23話〜第38話）：本能寺の変を知った官兵衛は秀吉に「ご運が開けましたぞ」と進言。奇跡の「中国大返し」を主導し、秀吉を天下人へと押し上げる。
- 天下人の猜疑心と関ヶ原の野望（第39話〜最終話）：肥大化する秀吉の権力欲と対立し、家督を息子の長政に譲り出家（如水）。秀吉没後、関ヶ原の戦いの裏で九州を電光石火で席巻し、天下を狙う壮大な賭けに出る。
ドラマと史実の相違点について、歴史学界の通説と照らし合わせると興味深い工夫が浮き彫りになります。本能寺の変直後、官兵衛が秀吉に囁いたとされる「ご運が開けましたぞ」という言葉は、『川角太閤記』などの後世の編纂物に記された有名な逸話ですが、ドラマでは秀吉の野心を点火させると同時に、二人の間に拭い去れない「心理的バウンダリー（境界線）」の崩壊と猜疑心を生む決定的な瞬間として演出されました。
最終回（第50話「乱世ここに終わる」）では、関ヶ原の戦いがわずか半日で徳川家康の勝利に終わったことで、九州から天下を窺う如水の壮大な野望は水泡に帰します。息子の黒田長政（松坂桃李）が家康から最大の功労者として迎えられた際、如水が「家康はお前のどちらの手を取ったのか？（その時、空いた左手は何をしていたのか＝なぜ家康を刺さなかったのか）」と問いただす有名な逸話が描かれました。ラストシーンでは、乱世を駆け抜けた天才軍師が静かに息を引き取り、戦なき泰平の世を光と共に見届けるという、深い余韻を残す幕引きとなっています。
劇中で官兵衛が放った「神の罰より人の罰、人の罰より心の罰（神仏の罰より人が下す罰が重く、それ以上に己の良心が下す心の罰こそ最も恐ろしい）」という名言は、謀略に手を染めながらも人の道を完全には踏み外さなかった男の倫理観を象徴する言葉として、今なお多くのビジネスパーソンの胸を打っています。
