大協組についてネット上で語られる言説の中には、事実関係を取り違えた誤解がいくつか存在します。
最も多い誤解は、「大協組そのものが行政処分や刑事罰を受けた組織である」という混同です。先述の通り、一連の刑事裁判で摘発・有罪判決を受けたのは対立していた労働組合（関生支部）の幹部らであり、大協組側は被害者・告発側の立場として司法と連携してきました。
また、「独占禁止法（私的独占の禁止及び公正取引の確保に関する法律）に違反しているのではないか」という指摘も頻繁になされます。しかし、中小企業等協同組合法に基づく事業協同組合の共同販売事業は、一定の要件を満たす限り独禁法の適用除外規定（独禁法第22条）の保護を受けています。市場の健全な需給調整と中小事業者の保護を目的として法的に認められた枠組みであり、違法な闇カルテルとは明確に区別されます。
