出産にかかる経済的負担は、医療機関選びの極めて大きな判断材料です。国による出産育児一時金が50万円へ引き上げられた後、全国的に基本管理料や室料の改定が行われました。佐世保市内における標準的な出産・分娩費用は、自然分娩・平日昼間の入院で総額約48万〜58万円程度が主流となっています。
総合医療センターで大部屋を利用した場合、自己負担額（手出し）は0円〜3万円前後に収まるケースも見られます。これに対し、個室管理やお祝い膳、各種エステサービスなどが組み込まれた民間産院では、総額が53万〜60万円前後となり、実質的な窓口支払いは5万〜10万円前後となるのが実勢価格です。
費用が跳ね上がる主な要因は「時間外・深夜・休日加算」と「特別な処置料」です。深夜の緊急分娩では数万円の追加費用が発生するほか、近年急速にニーズが高まっている佐世保の無痛分娩対応病院における麻酔管理料は、通常の分娩費用に加えて概ね10万〜15万円前後の追加加算が設定されています。
麻酔科医の常駐状況や当直医師の体制によって、24時間いつでも無痛分娩に対応できる施設と、日中の計画分娩に限定して実施する施設とに分かれます。「痛みへの恐怖が強く、どうしても無痛分娩を選びたい」という方は、妊娠確定直後の受診時に、無痛分娩の予約枠や対応曜日を医師へ直接確認しなければなりません。
