物語の主役であるドラえもん自身もまた、華々しいヒーローではなく、哀しい宿命を背負った存在です。ファンの間で語り継がれるドラえもんの過去の切ない設定は、現代の視点から見ても非常にショッキングなリアリティを持っています。
最も有名なトラウマ設定が、ドラえもんが耳を失った理由です。2112年9月3日にマツシバロボット工場で製造されたドラえもんは、製造工程中のアクシデント（ネジの脱落）により、他のネコ型ロボットと比べて性能が劣る「不良品」として世に出ました。さらに昼寝中、工作用ネズミ型ロボットに両耳をかじられるという大事故に遭遇。搬送先の病院での医療ミスによって耳を完全に切除されてしまいます。
その後の展開は輪をかけて過酷です。鏡を見て変わり果てた姿にショックを受け、泣き喚くドラえもん。気分を直そうと「元気の素」を飲もうとしたところ、誤って「悲劇の素」を服用してしまい、三日三晩泣き続けた結果、メッキが剥がれて青くなり、声もガラガラに嗄れてしまったと公式設定で語られています。さらに、当時好意を寄せていたダンス用ロボット・ノラミャーコから耳のない姿を大笑いされてフラれるという、アイデンティティを根本から粉砕される失恋まで経験しています。
また、ドラえもんのトラウマ回の理由として外せないのが、社会的・歴史的背景を色濃く反映した『ぞうとおじさん』です。太平洋戦争末期、東京の上野動物園等で実際に行われた「戦時猛獣処分」を題材に、空襲で猛獣が逃げ出したら危険だという理由から毒入りの餌で動物たちが次々と殺されていく狂気を描きました。動物園のおじさんの悲痛な叫びに対し、ドラえもとのび太が笑顔で「心配いりません！もうすぐ戦争は終わります。日本は負けるんです！」と返す場面は、戦争という大人の理不尽な暴虐に対する痛烈な風刺であり、多くの読者の心に深く刺さるトラウマとなっています。
