阿蘇白雲山荘が営業終了を余儀なくされた閉館の決定打は、2016年4月14日および16日に発生した熊本地震です。特にマグニチュード7.3を記録した本震では、南阿蘇村エリアで震度6強から震度7相当の激しい揺れが観測され、山肌の崩落や道路網の寸断など壊滅的な被害が発生しました。
当時の報道や関係者の証言によると、白雲山荘の施設は本館・客室・大浴場の構造部が深刻な損壊を受け、宿泊客を受け入れることが不可能な状態へと追い込まれました。さらに、主要アクセスルートであった阿蘇大橋の崩落や国道57号線の寸断、インフラライン（水道・電気・温泉パイプライン）の完全停止が追い打ちをかけました。
当時、施設を管理・運営していた運営会社は、建物の建て替えや大規模改修にかかる数億円規模の莫大なコスト、被災後の観光需要の回復予測、地盤の安全性などを総合的に勘案。長期休業による再建を模索する道もありましたが、最終的に「営業再開の断念」という苦渋の決断を下しました。
