事件の影響は現場の車両内にとどまらず、東京の交通ネットワーク全体に激震を走らせた。東日本旅客鉄道（JR東日本）は安全確保のため、山手線全線の運転を即時見合わせ。並行して走る京浜東北線や中央線など主要路線でも防護無線による緊急停車や運行規制が相次ぎ、主要ターミナル駅は足止めされた通勤客で溢れ返った。
運転見合わせは数時間に及び、振替輸送の窓口には長蛇の列ができた。国土交通省は事態を重く見て、東日本旅客鉄道（JR東日本）に対して速やかな状況報告と乗客の安全確保を指示。同時に全国の鉄道事業者へ向け、警戒レベルの引き上げを通達する事態へと発展した。
