現地を訪れる旅行者が最も気にするポイントの一つが、館内の滞在時間と混雑のピークタイムです。編集部が現地取材およびSNS・大手口コミサイトの動向を多角的に分析した結果、展示をひと通り見て回る標準的な所要時間は約60分、解説パネルを熟読しシアター映像や原画を細部まで鑑賞する場合は約90分〜120分を見込んでおくのが確実です。
混雑状況に関しては、ゴールデンウィークやお盆、連休期間などのトップシーズンには入場制限がかかるケースが見られます。1日の時間帯別動向を追うと、団体ツアー客や境港駅からの観光客が集中する11:00〜14:00が混雑のピークとなります。館内の通路が混み合うと、人気の立体展示や解説パネルの前で立ち止まってじっくり鑑賞することが難しくなります。
混雑をスマートに回避する決定的な裏ワザは、「開館直後の9:30枠」もしくは「15:30以降の夕方枠」を狙うことです。特に午前中の早い時間帯は、館内の静寂の中で水木ワールドの独特な雰囲気を独占できる贅沢な時間帯となります。公式オンラインチケットによる事前日時指定予約を済ませておけば、現地の券売所列に並ぶことなくスムーズに入館できるため、旅行計画時には事前確保が強く推奨されます。