刑事司法施設を正しく理解するためには、まず「拘置所」「留置所」「刑務所」という3つの施設が持つ、法的な目的と収容対象の違いを明確に切り分ける必要があります。根拠法となる「刑事収容施設及び被収容者等の処遇に関する法律（刑事収容施設法）」において、それぞれの役割は明確に定義されています。
最も大きな違いは、管轄する省庁と「裁判で有罪が確定しているかどうか」という点にあります。法務省と警察庁の管轄の違いを整理すると、以下の明確な境界線が浮かび上がります。
留置所（正式名称：留置施設）は、都道府県警察本部の警察署内に設置されている施設です。日常的な管轄は警察署の警務課（留置管理課）にあり、捜査機関である警察が管理・運営しています。収容されるのは、主に逮捕直後から検察官による起訴・不起訴の判断が下るまでの「被疑者」です。
これに対し、拘置所は法務省矯正局が管轄する国家機関です。主に検察官から起訴された「被告人」が、保釈されないまま刑事裁判を待つ期間（未決拘禁）を過ごす場所として設計されています。有罪が確定していない「無罪の推定」を受ける権利を有しているため、刑務作業の義務はありません。
そして刑務所は、裁判で懲役刑や禁錮刑などの実刑判決が確定した「既決囚」が、刑罰の執行と改善更生のために服役する場所です。留置所と拘置所があくまで「逃亡や証拠隠滅を防ぐための身柄確保」を目的とした一時的施設であるのに対し、刑務所は「刑の執行」を目的とする点で根本的に異なります。
