筋トレとランニングを組み合わせる際、トレーニーが最も恐れるのがカタボリック（異化作用）、すなわち筋肉の分解です。有酸素運動は体脂肪を減らしてくれる頼もしい味方である反面、やり方を一歩間違えると、苦労して肥大させた筋タンパク質をアミノ酸へと分解し、エネルギーとして浪費してしまう両刃の剣となります。
筋肉減少を招く最大の要因は、筋トレ後の有酸素運動時間の超過にあります。筋トレを終えた段階で、筋肉内のグリコーゲンは大幅に消費されています。その状態でランニングを45分〜60分以上も継続すると、生体はエネルギー枯渇の危機を察知し、副腎皮質からストレスホルモンであるコルチゾールを分泌させます。コルチゾールは筋肉を分解して糖新生を行うよう働くため、走れば走るほど筋肉が削られていく負のスパイラルに陥るのです。したがって、同日に行う場合のランニングは最長でも30〜40分以内にとどめるのが生理学的な防衛ラインとなります。
さらに決定打となるのが、ランニング前後の食事と栄養補給の戦略です。空腹状態で「筋トレ→ランニング」を行うのは極めて危険です。血中アミノ酸濃度が低下した状態で運動を開始すると、筋トレの最中からカタボリックが進行してしまいます。トレーニングの60〜90分前に消化の良い炭水化物とおにぎり1個程度の軽食を摂るか、運動30分前に必須アミノ酸（EAA）やBCAAを補給しておくことが筋肉のプロテクターとなります。
また、プロテイン摂取の最適なタイミングについても緻密な計算が必要です。「筋トレの直後」に飲むべきか、「ランニング終了後」に飲むべきかという議論がありますが、両者を連続して行う場合は「ランニング終了直後（30分以内）」に、ホエイプロテイン20〜30gと適量の糖質を同時に摂取するのが最も合理的です。筋トレ直後にプロテインをがぶ飲みすると、その後のランニング中に胃腸へ血液が回らず消化不良や腹痛を引き起こすリスクがあるためです。筋トレとランニングの間にはアミノ酸ドリンク（BCAAやEAA）を少量口に含み、すべてのセッションを完遂した瞬間に本格的なプロテイン補給を行うのが、2026年におけるスマートなスタンダードとなっています。
