宮水神社のルーツを語る上で見逃せないのが、長野県佐久市（旧臼田町）に鎮座する新海三社神社です。新海誠監督の出身地である長野県南佐久郡にほど近く、監督のペンネームの由来のひとつとも囁かれる由緒ある神社です。
境内には室町時代建立の重要文化財である三重塔や東本殿が佇み、古くから東信濃の信仰を集めてきました。社殿の建築様式や神楽殿の佇まいなど、宮水神社の深遠な空気感に通じる要素を数多く備えています。
また、彗星災害に見舞われる架空の町「糸守町」のシンボルである糸守湖は、長野県中央部に広がる諏訪湖が主要なビジュアルモデルです。立石公園の高台から見下ろす諏訪湖の雄大なパノラマは、黄昏時に瀧と三葉が時空を超えて出会うカタワレ時の情景を強く想起させます。
