高校野球を選択する球児や保護者にとって、甲子園出場と同じくらい重要なのが「卒業後の進路」です。延岡学園野球部は、強固な大学・社会人野球のネットワークを維持しており、卓越した進路実績を誇ります。
2013年の準優勝メンバーをはじめとする歴代の主将・主力選手たちは、東都大学野球リーグ、首都大学リーグ、九州六大学野球連盟、福岡六大学野球連盟などの名門大学へと進学。九州共立大学や日本文理大学、亜細亜大学など、全国大会常連の大学野球部で中心選手として活躍するOBを多数輩出してきました。
さらに、社会人野球のトップチーム(Honda、三菱重工、JR各社など)や独立リーグへ進むルートも確立されています。「高校3年間で燃え尽きさせない」「次のステージでも通用する木製バットへの対応力と配球の読みを身につけさせる」という指導哲学が浸透しているため、大学や社会人のスカウト陣からも「延岡学園出身者は野球の基礎がしっかりしており、礼儀も申し分ない」と極めて高く評価されています。