もう一つの消えた理由として頻繁に取り沙汰されるのが複雑な権利関係（版権問題）です。ザ・ドラえもんズは、1995年に発売された3DO用ゲームソフト『友情伝説 ザ・ドラえもんズ』を起点として誕生しました。
企画の立ち上げにはゲーム開発会社、出版元の小学館、アニメ制作のシンエイ動画、テレビ朝日、さらには漫画版を手掛けた田中道明先生や三谷幸広先生など、多岐にわたるクリエイターや企業が深く関与していました。ひとつのキャラクターを展開・再利用するにあたり、クリアすべき権利窓口が多岐にわたっていたことは想像に難くありません。
ただし、映画版の権利自体はシンエイ動画および小学館・藤子プロの管理下にあり、法的な係争や絶縁トラブルが生じたわけではありません。実際には「権利が複雑すぎて使えない」というよりも、ゲーム連動プロモーションとしての契約期間が満了し、新規の商業展開を仕掛ける動機が薄れたというビジネス上のサイクル終了が実情です。
