高い利便性を誇る一方で、誤った取り扱いは健康被害や重大な事故へ直結する危険を秘めている。絶対に避けるべき筆頭が、クエン酸や酢、酸性タイプの洗剤との混用である。
有効成分が酸性物質と反応を起こした際、有毒な塩素ガスが発生する。これは呼吸器系に激しい損傷を与える危険な化学反応であり、「混ぜるな危険」の表記は決して誇張ではない。目に見えないガスは瞬時に充満するため、作業時の換気扇稼働と窓の開放は絶対条件である。
また、熱湯を使った吹き付けも厳禁だ。温度が上がることで成分が急激に分解され、有毒ガスの発生リスクが跳ね上がるだけでなく、肝心の除菌効果自体も揮発して失われてしまう。必ずぬるま湯以下、できれば常温の水で洗い流すことが鉄則だ。さらに、ステンレス以外の金属（特にアルミや銅）への使用は腐食や変色の原因となるため、使用箇所の材質見極めも欠かせない。
