個人事業主やフリーランスにとって、確定申告の遅れで最もダメージが大きいのが青色申告特別控除の取消です。
所得税法において、電子申告（e-Tax）や複式簿記の要件を満たすことで得られる「最大65万円（または55万円）の青色申告特別控除」には、「法定申告期限内に申告書を提出すること」という明確な法定要件が定められています。したがって、3月15日の締め切りを1分でも過ぎて提出した場合、自動的に65万円控除の権利を失い、10万円の控除しか受けられなくなります。
課税所得が55万円増大すると、所得税率が20%の人の場合、所得税で約11万円、さらに翌年度の住民税（一律10%）で5万5,000円、合計で約16万5,000円の税負担増となります。さらに国民健康保険料の算定基準額も引き上がるため、実質的な支出増は20万円を超える計算になります。
加えて警戒すべきは「2年連続遅延による青色申告承認の取消リスク」です。国税庁の事務運営指針では、2期連続で期限内に申告書を提出しなかった場合、青色申告の承認そのものが取り消される処分基準が明記されています。一度取り消されると、原則として1年間は青色申告の再申請が認められず、純損失の3年間繰り越しや少額減価償却資産の特例といった優遇措置もすべて喪失します。
一方、白色申告期限後提出の影響はどうでしょうか。白色申告にはもともと青色申告特別控除のような控除枠がないため、「控除の縮小」という形の直接的な打撃はありません。しかし、無申告加算税や延滞税の課税ルールは青色申告と全く同一です。さらに、決算書や申告書の提出履歴が遅延として記録されるため、日本政策金融公庫や民間銀行での融資審査、住宅ローンの借り入れ審査において「期日を守れない事業者」として信用情報上、極めて不利に働くという見えないリスクが存在します。
