解熱から24時間ほど経過した後に、再び38度以上の高熱に見舞われる現象があります。これが二峰性発熱のぶり返し原因と対処法を知る上で極めて警戒すべきシナリオです。
二峰性発熱は、小児に多く見られる特徴的な現象として知られますが、成人であっても体力の消耗が激しい場合に発生します。原因は大きく分けて2系統存在します。1つ目は、抗ウイルス薬や自身の初期免疫によって一時的にウイルスの増殖が抑え込まれたものの、生き残ったウイルスが再増殖する「ウイルスの再燃」です。2つ目は、ウイルスによって荒廃した喉や気管支の粘膜に、肺炎球菌や黄色ブドウ球菌といった細菌が入り込んで炎症を引き起こす「二次性細菌感染症（細菌性肺炎や中耳炎・副鼻腔炎など）」です。
もし再発熱時に黄色や緑色の粘り気のある痰が出る、胸の痛みがある、あるいは呼吸が苦しいといった兆候が伴う場合は、細菌感染の疑いが濃厚となります。この段階ではインフルエンザ薬ではなく抗菌薬（抗生物質）の投与が必要となるケースが多いため、自己判断で解熱鎮痛薬を飲んで済ませる行為は禁物です。
また、回復期に差し掛かった段階でインフルエンザ治りかけの下痢や腹痛の症状に襲われる事例も散見されます。これはインフルエンザウイルス（特にB型株に顕著）が腸管上皮のACE2受容体や粘膜組織に作用して局所的な炎症を残しているケースと、抗ウイルス薬や解熱薬の副作用によって腸内細菌叢のバランスが崩れた結果生じる消化機能不全の2通りが考えられます。冷たい飲食を避け、消化に負担のかからない炭水化物や温かいスープを中心とした食事へ段階的に戻す配慮が求められます。
