アカウントを切り替えた際、最も懸念されるのが「セーブデータの紛失や混ざり合い」だろう。しかし、ニンテンドースイッチの内部構造では、セーブデータはソフト本体やSDカードではなく、各ユーザーの内部ストレージ領域に完全に独立して保存される。そのため、アカウントを切り替えても他人のデータに上書きされる心配は原則として存在しない。
個人のマイニンテンドーアカウントを連携させておけば、クラウドを活用したさらなる安全網が手に入る。有料サービスであるNintendo Switch Onlineに加入している場合、「セーブデータお預かり・引っ越し機能」を利用して、自動的に任天堂のサーバーへ進行状況をバックアップすることが可能だ。万が一の本体故障や新機種への買い替え時でも、クラウド経由で一瞬にしてデータを引き継げるため、セーブデータを維持したままスムーズに変更する手順として最も信頼性が高い。
また、別の本体へセーブデータのみを個別転送する機能も用意されている。家族の誰かが自分専用の本体を新たに購入した際にも、旧本体のアカウントから新本体へ一切のデータ損失なしで移行を完結できる。
