感染症法および予防接種法上の特例措置として行われていた「厚生労働省による全額公費負担（自己負担なしの無料接種）」は、2024年3月末をもって終了しました。
制度移行に伴い、現在は次のような費用体系に変わっています。
- 定期接種（年1回・秋冬に実施）：65歳以上の高齢者および60〜64歳で重症化リスクの高い方を対象に実施。自治体からの助成が入り、原則として数千円程度（自治体ごとに約2,000円〜7,000円程度で設定）の自己負担となります。生活保護受給世帯などは免除される場合があります。
- 任意接種：定期接種の対象外となる方や、指定期間外に接種を希望する方は「全額自己負担」となり、1回あたり約15,000円前後の費用がかかります。
かつてのように「誰もがいつでも無料で打てる」仕組みから、季節性インフルエンザワクチンと同様の枠組みへと移行しています。
