50回忌が終了した後に発生する最も重要な実務が、仏壇および位牌の整理です。弔い上げを行うと、故人は個別の「霊」から先祖代々の「祖霊」へと合祀されます。そのため、これまで仏壇に安置されていた個別の本位牌（漆塗りの戒名入り位牌）は役目を終えることになります。
具体的な手続きの手順は以下の通りです。
- お魂抜き（閉眼供養）：50回忌法要の読経と同時に、僧侶に依頼して個別位牌から故人の魂を抜く儀式を行います。
- 過去帳または繰出位牌への移行：故人の戒名、俗名、没年月日、享年を、先祖代々の記録簿である「過去帳」に書き写すか、複数の札板を収納できる「繰出位牌（くりだしいはい）」に納めます。
- 個別位牌のお焚き上げ：お魂抜きを終えた古い白木位牌や本位牌は、菩提寺に引き取ってもらい、お焚き上げ供養（焼却処分）を委ねます。
- 「〇〇家先祖代々之霊位」への統合：仏壇の中央には、個別の位牌ではなく先祖代々の総位牌を安置する形にスッキリと整理されます。
ネット上では「位牌を処分すると先祖の祟りがあるのではないか」といった根拠のない不安も見られますが、仏教教理上、弔い上げによる位牌の合祀は先祖供養の最高の到達点であり、極めてめでたく功徳の高い儀式です。仏壇のスペースを圧迫していた古い位牌を整理することは、次世代へ仏壇を引き継ぐ上でも理にかなった行動といえます。
