犯行の異常性から、起訴前には数カ月間に及ぶ鑑定留置が実施されました。長野立てこもり事件の精神鑑定では、被告が犯行時に精神疾患の影響下にあったかどうかが厳密に調査されました。
検察側は、被害妄想の影響は認められるものの、猟銃を準備し、パトカーを待ち伏せして正確に狙い撃ち、逃走後に立てこもるなど一連の行動に計画性と合理性があることから、「善悪を判断し行動を制御する能力（完全責任能力）」があったと判断して起訴に踏み切りました。
現在、長野立てこもり事件の裁判では、刑事責任能力の有無と程度が最大の争点となっています。長野地方裁判所での審理において、弁護側は心神喪失または心神耗弱による無罪・減軽を主張する構えを見せており、法廷での鑑定医の証言や被告人質問に高い関心が寄せられています。長野立てこもり犯人の現在は拘置施設に収容されており、弁護人との接見を重ねながら公判に臨んでいます。
