2007年の『ヱヴァンゲリヲン新劇場版：序』から2021年の『シン・エヴァンゲリオン劇場版』に至るリビルドシリーズにおいて、死海文書の存在感はさらに複雑なレイヤーを纏うことになりました。旧テレビ版や旧劇場版では単に「裏死海文書」と呼ばれていたものが、新劇場版では「裏死海文書外典」という新たな呼称で登場します。
新劇場版では、「死のチルドレン」「アドバンスド・ナンバリング」といった旧作には存在しなかった概念が追加され、渚カヲルが「円環の物語」を意識する描写が散りばめられました。ゼーレが固執する外典には、旧作のシナリオを超えた「世界の反復（ループ）」や、初号機と第13号機が対峙するアナザーインパクト、さらには精神世界を書き換える「ゴルゴダオブジェクト」への到達手順までが暗示されていたと考えられます。
碇ゲンドウが『シン・エヴァ』終盤でネブカドネザルの鍵を用い、人の域を捨てて神の認識領域に達した際、彼はもはやゼーレの外典すら不要とし、自らの意志で「アディショナル・インパクト」を発動させました。旧作において「従うべき絶対の予言」だった死海文書は、新劇場版を通じて「乗り越えるべき過去の縛り（呪縛）」へとその役割を変化させていったのです。
