物語は、謎の大富豪サルタンが世界征服ならぬ「世界最高のロボットの主（あるじ）」という虚栄心を満たすため、執事のアブラー博士に命じてプルートゥを製造させたことから動き出します。
次々と各国の英雄ロボットを倒していくプルートゥでしたが、彼自身は破壊そのものを喜ぶ残忍な機械ではありませんでした。高い知性と感受性を備えていたプルートゥは、戦いを重ねるごとに「なぜ自分は戦わなければならないのか」という深い虚無感と良心の呵責に苛まれます。特に、無抵抗を貫き子供を守ろうとしたエプシロンの高潔な精神に触れた際、プルートゥの心には決定的なヒビが入ります。
一方、日本のアトムも一度はプルートゥに挑みますが、10万馬力と100万馬力という絶望的な出力差の前にあえなく敗北を喫します。仲間たちが次々と倒されていく恐怖と無力感の中、アトムはそれまで頑なに拒んできた「ある禁断の決断」を下すことになります。
