学校選びにおいて最大の判断材料となるのが、学力水準と卒業後の進路です。長崎日大の高校課程は、生徒の学力目標と志望進路に応じて大きく3つのコース（アカデミアコース、エクセレンスコース、プログレスコース）に再編・運用されており、それぞれの難易度や学習環境には明確なグラデーションが存在します。
最上位に位置するアカデミアコース（偏差値62前後）は、東大・京大をはじめとする最難関国立大や国公立大学医学部・薬学部への現役合格を主眼に置いた少人数精鋭クラスです。放課後の特別講座や個別添削指導が日常化しており、県立上位進学校である長崎西高校や諫早高校の併願先・進学先としても選ばれています。過去の入試結果を見ても、長崎大学医学部や九州大学などの旧帝国大学への合格者を毎年手堅く輩出しており、「進学校としての長崎日大」の顔を一手に担っています。
中核を担うエクセレンスコース（偏差値55前後）は、国公立大学や難関私立大学（MARCH・関関同立など）を目指す標準進学クラスです。部活動と学業の両立を図りながら、一般選抜や総合型選抜に対応できる論述力・プレゼンテーション能力の育成に注力しています。
そして、最も生徒数の多いプログレスコース（偏差値47前後）は、日本大学をはじめとする私立大学への進学や部活動への専念を目的としたクラスです。ここでは、日大の特別付属校という最大の強みである内部推薦制度をフルに活用するルートが確立されています。ただし、「付属校だから全員がエスカレーターで進学できる」という認識は現場の実態とは乖離しています。日大の内部進学枠を獲得するためには、全国の系列付属高校生が一斉に受験する基礎学力到達度テスト（4月・9月実施）で所定の順位・標準化得点を獲得しなければならず、希望する学部（特に法学部・文理学部・理工学部や医療系）を巡る校内競争は極めてシビアです。
