東海学園前駅は、駅名の通り敷地が東海大学熊本キャンパスに隣接し、付属高校である東海大星翔高校の通学路にも直結している典型的な学園駅です。そのため、朝のラッシュ時間帯には特徴的な混雑パターンが生じます。
朝の混雑ピークは7時40分から8時30分頃にかけて発生します。熊本駅を出発した上り列車は、平成駅、南熊本駅、そして市電乗り換え客が大量に流入する新水前寺駅で乗客を満載し、水前寺駅を経て東海学園前駅に到着します。車内は学生や沿線企業へ向かう通勤客で肩が触れ合うほどの混雑率（推定130〜150%程度）に達します。
SNSや知恵袋等のコミュニティ上でも、利用者から「朝8時前後に東海学園前駅に着く列車はドア付近が学生ですし詰め状態になる」「改札機が混み合い、ホームから駅舎を出るまでに数分待たされることがある」といった現場のリアルな声が寄せられています。東海学園前駅は単式ホーム1面1線の地上駅であり、上り・下りの乗降客が同じホームを利用するため、列車到着時には一気に人の波が改札口へ押し寄せます。
大学の講義開始前や高校の登校指定時刻の直前便は特に密集度が高まるため、現場を日常的に利用する在学生からは「快適に通学したいなら、目標時刻の2本前（約20〜30分前）の列車に乗車してキャンパス内のカフェテリアやラウンジで過ごすのが最も賢い回避策」という助言が多く聞かれます。
