本作のストーリーは、群馬県桐生市をモデルとした山に囲まれた閉塞的な町を舞台とする「中学生編（第1部）」と、事件から数年を経て過去の傷と対峙する「高校・青年期編（第2部）」の二重構造で紡がれています。読者が抱く最大の関心事である「二人は最終的に結ばれたのか」という問いに対し、押見修造が導き出した答えは、通俗的な恋愛成就とはまったく異なる次元のリアリズムでした。
クラスのミューズであった佐伯奈々子の体操着を衝動的に盗んでしまった主人公・春日高男。その現場を目撃した孤高の少女・仲村佐和は、秘密の暴露を盾に春日と「契約」を交わし、教室中を墨汁で埋め尽くすなどの破壊行動へと春日を駆り立てます。二人は「変態」という共通の言葉を隠れ蓑に、周囲の人間を「クソ虫」と蔑みながら、町の境界の向こう側へ行こうともがき苦しみます。その破滅への疾走は、夏祭りの櫓（やぐら）の上で灯油を浴び、自らに火を放とうとする心中未遂という最悪の形で臨界点に達しました。しかし土壇場で仲村は、春日を櫓から突き落とし、一人だけで業火を背負おうとしたのです。
物語が真の傑作へと昇華するのは、舞台を栃木県大平町へと移した第2部以降です。事件の汚名を背負い、抜け殻のように生きていた高校生の春日は、文学を通じて自己を表現する少女・常盤文（ときわ あや）と出会います。常盤との不器用な交流を通じて、春日は自らの空っぽな自意識と向き合い、他者と対話する言葉を獲得していきます。
そして物語のクライマックス、春日は常盤に背中を押され、海辺の町でひっそりと暮らしていた仲村佐和と数年ぶりに再会を果たします。かつて神聖視し、狂気の象徴として恐れていた仲村は、小さな食堂を手伝う「普通の少女」としてそこに存在していました。激しい取っ組み合いの果てに、二人は互いを呪縛から解放します。仲村が春日に残した「何しに来たんだよ、変態」という乾いた笑みは、もはや絶対的な支配者と下僕ではなく、思春期の嵐を共に生き延びた戦友への別れの挨拶でした。
迎えた最終巻の第57話（最終回エピローグ）では、さらに時が流れた大人たちの日常が淡々と描かれます。春日高男は常盤文と正式に結ばれ、妊娠した彼女を慈しみながら、両親と共に穏やかな食卓を囲んでいます。そしてラストシーンで明かされるのは、中学時代の仲村佐和の視点でした。世界中の人間が黒い影のような「クソ虫」に見えていた仲村の瞳に、体操着を握りしめて狼狽していた春日だけが、初めて「生きた人間」として映った瞬間――。彼女の狂気の正体が、誰よりも切実な「他者への渇望と孤独」であったことが証明され、物語は静かな祈りとともに幕を閉じます。
