札幌・新千歳空港方面と小樽を結ぶ大動脈がJR函館本線です。特に日中1時間に複数本運行されている「快速エアポート」および「特別快速エアポート」は、札幌駅まで最速約30分強、新千歳空港まで直通約75〜85分で結ぶ快適なアクセス手段です。
長距離移動や大きめのスーツケースを抱えている場合、快速エアポートの指定席「uシート」（840円）の事前予約を強く推奨します。小樽駅始発であれば自由席でも座れる確率は高いものの、混雑期は発車20分前にはホームに列ができるため、確実に座って移動したい場合は指定席券の確保がストレスフリーな移動の決定打となります。
マイカーやレンタカーで訪れる旅行者は、小樽駅周辺の駐車場料金の相場を把握しておく必要があります。駅前市営駐車場やコインパーキングは、日中30分ごとに150〜200円、最大料金は入庫後24時間で1,000〜1,500円程度が相場です。ただし、運河沿いの観光駐車場は最大料金の設定がない場所もあるため、駅周辺に駐車して徒歩で観光地へ向かうパーク＆ライドが経済的です。
