カナルカフェを訪れる上で、入店直後に全員が直面する関門が「デッキサイド」と「レストランサイド」の分岐です。同じ敷地内にありながら、この2つのエリアは別店舗と言っても過言ではないほど運営形態が分かれています。この構造を理解しないまま訪れると、思わぬ順番待ちに巻き込まれたり、希望のメニューが注文できなかったりといったトラブルに見舞われます。
まず水上デッキに広がるデッキサイドは、セルフサービス形式のオープンテラスです。入り口の専用カウンターで先にフードやドリンクを注文・会計し、ブザーを受け取って席を確保する「キャッシュオンデリバリー方式」が採用されています。カジュアルにビールやジェラート、窯焼きピッツァを楽しめる開放感が魅力ですが、席の事前予約は一切不可となっています。また、混雑時には「注文前の席取り禁止」という厳しいルールが敷かれ、スタッフの誘導に従ってレジに並ぶ必要があります。
一方、屋内のガラス張りダイニングと一部の屋根付きテラスで構成されるレストランサイドは、スタッフがテーブルまで案内して注文を取る本格的なイタリアンレストランです。旬の食材を使った前菜や本格パスタ、肉料理のコースなどを落ち着いた空間で堪能でき、こちらは公式予約システムやグルメ媒体からの事前予約が可能です。デッキサイドで提供される一部の軽食はレストラン側では注文できず、逆にレストラン専用のコース料理をデッキ席へ持ち出すこともできません。